В целом по линии здравоохранения относительно спокойно. В штатном режиме работают районные больницы в Карасуском, Костанайском, Беимбет Майлина, а также организации в Рудном, Аркалыке и Костанае.
Количество беременных в подтопленных и подверженных подтоплению регионах составляет 2 898 женщин, в том числе Аркалык — 271, Амангельды – 110, Жангельды – 81, г. Костанай – 1 234, Рудный – 471, Сарыколь – 80, Аулиеколь – 184, Карасу – 60, Костанайский – 343, Алтынсаринский — 64.
Все беременные и дети до года находятся на особом контроле. При эвакуации беременных женщин к родственникам медработниками подается актив в ПМСП о временном месте жительства, в последующем сотрудники данной поликлиники берут на временный учет и дальнейшего наблюдения пациентку.
В Костанае организовано 72 эвакуационных пункта на объектах образования. Общее количество койко-мест составляет 12 805, также для людей, нуждающихся в медицинской помощи, в организациях здравоохранения города дополнительно развернуто 225 коек (областная больница – 60, Костанайская областная детская больница — 10, Костанайская городская больница — 30, Костанайский областной центр фтизиопульмонологии — 25, Костанайская городская онкологическая больница – 40).
На базе областного центра психического здоровья для эвакуированных пациентов, нуждающихся в медицинской помощи, совместно с Костанайской РБ развернуто дополнительно 35 коек.